单细胞测序工具SDR-Seq推动基因组变异与疾病关联研究
2025-10-11 14:23
来源:欧洲分子生物学实验室
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科学家长期关注遗传与疾病的关联。欧洲分子生物学实验室(EMBL)团队开发出新型单细胞测序工具SDR-Seq,能够在同一细胞内同步检测基因组变异和RNA表达。该工具突破了现有单细胞测序技术的局限,显著提升了检测精度与通量,为探索非编码区域变异与疾病的关联提供了新路径。EMBL 的科学家创建了 SDR-seq,这是一种单细胞 DNA-RNA 测序工具,可以同时研究 DNA 和 RNA,将编码和非编码基因变异与同一单细胞中的基因表达联系起来

《自然方法》期刊最新发表的论文中,EMBL博士后研究员Dominik Lindenhofer指出:“现有单细胞方法在同时分析DNA和RNA时存在通量有限与灵敏度不足的问题。我们的单细胞测序工具不受变异位置限制,可生成适用于复杂样本分析的单细胞数据。”基因组中超过95%的疾病相关变异位于非编码区域,而传统单细胞测序技术难以大规模解析这些区域。新型单细胞测序工具通过油水乳化液滴系统,实现了对数千个细胞中DNA变异与基因活性的同步关联分析。

研究团队通过单细胞测序工具对B细胞淋巴瘤样本进行测试,发现基因组变异数量与肿瘤恶性程度存在关联。Lindenhofer补充道:“通过单细胞测序工具,我们能够精确判断变异对基因表达的影响。在B细胞淋巴瘤中,变异积累与特定细胞状态转变相关。”该单细胞测序技术的开发整合了多学科合作,包括细胞预处理方法优化和专用解码算法的构建。

EMBL小组负责人Lars Steinmetz强调:“这一单细胞测序工具建立了变异与疾病的直接联系,为理解疾病机制创造了新机会。通过对疾病过程的深入解析,可能为未来干预策略提供参考。”该技术有望应用于复杂疾病的诊断筛查,推动精准医疗发展。

更多信息: Dominik Lindenhofer 等人,利用联合多组学单细胞 DNA-RNA 测序对基因组变异进行功能表型分析,《自然方法》(2025)。期刊信息: 《自然方法》

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