洛桑联邦理工学院研究人员开发的开放式平台BindCraft正推动蛋白质设计领域的发展。该平台通过神经网络辅助开发新型结合蛋白质，能够精准结合治疗靶点，为生物医学研究提供新工具。

蛋白质间的相互作用调控着细胞信号传导、生长发育及免疫应答等关键生物过程。传统方法需要筛选数万种候选蛋白质，对实验室资源和计算能力要求较高。EPFL工程学院博士生Lennart Nickel表示："BindCraft的开发旨在创建更易使用的工具，仅需测试少量蛋白质即可获得有效结合剂。"

研究团队采用逆向工程策略，利用AlphaFold2系统根据所需功能特性生成新型结合剂序列。博士生Christian Schellhaas解释道："BindCraft通过蛋白质结构预测网络对现有流程进行重构，从而生成具有特定功能的新型结合剂。"该方法显著提高了蛋白质设计效率。

该团队与多国科研人员合作，在《自然》期刊发表了研究成果。他们成功验证了针对十余种生物治疗分子的结合剂，包括腺相关病毒(AAV)和CRISPR-Cas9核酸酶等基因编辑工具。实验数据显示，这些结合剂与预定靶点结合的成功率达到46%。

第一作者Martin Pacesa表示："针对AAV的应用可使基因治疗更精准地靶向特定细胞和组织，从而降低潜在副作用。对于CRISPR-Cas9系统，结合剂能有效调控其基因编辑活性。"自预印本发布以来，BindCraft平台已获得生物学界的广泛采用，并开始应用于工业领域。

研究人员正着手扩展平台功能，使其能够应用于肽类等更小的治疗分子。该开源工具的开发为蛋白质设计领域提供了更高效、更易使用的研究手段。

更多信息： Martin Pacesa 等人，利用 BindCraft 一次性设计功能性蛋白质结合剂，《自然》(2025)。期刊信息： 《自然》