维度网讯，默克公司（Merck & Co.）与人工智能药物设计公司Protillion Biosciences达成一项多靶点发现合作与许可协议，旨在利用Protillion的“实验室在环（lab-in-the-loop）”方法与Prot-MaP™芯片上抗体发现平台，发现多个新疗法候选药物。根据协议，默克将向Protillion支付未公开的预付款，以及最高可达5.1亿美元的研发与商业里程碑付款。

此次合作旨在将默克在全球新疗法发现领域的专长与Protillion的Prot-MaP平台相结合。Prot-MaP是“大规模并行阵列上的蛋白质展示”（Protein Display on a Massively Parallel Array）的缩写，该平台通过将AI与实验湿实验室数据的持续反馈循环，对蛋白质文库进行定量分析，每次运行可表征数百万个变体，以避免模型过拟合。据Protillion介绍，该方法可以识别出具有复杂治疗特性的优化生物制剂，例如pH依赖性清除和多靶点特异性，这些特性用传统方法难以实现。该平台通过高效的连接式原位转录和翻译，直接在Illumina DNA测序流动槽上生成数千万个固定化蛋白质簇。

Prot-MaP由Protillion首席执行官兼联合创始人Curtis Layton和联合创始人Will Greenleaf博士（斯坦福大学医学院遗传学教授、Protillion科学顾问委员会成员）发明。Layton在杜克大学获得计算生物学博士学位后，作为博士后研究员在斯坦福医学院遗传学系师从Greenleaf。Layton在Greenleaf的实验室中开发了Prot-MaP，随后于2019年组建了Protillion以将该技术商业化。Layton的工作开创了一种高通量探测生化系统的新方法，整合了蛋白质工程、下一代测序技术、分子生物学、体外转录和翻译、计算生物学、软件开发以及各种工程学科。

Protillion首席科学官Robert Hollingsworth博士向《基因工程与生物技术新闻》（GEN）介绍，Prot-MaP平台能够同时测试数百万种蛋白质相互作用，在数天内而非数月内生成大量数据。该平台可将高通量蛋白质测试与专有机器学习模型连接，快速识别有前景的药物候选物、理解其作用机制并设计改进版本。Prot-MaP能够在单次实验中同时测试多达100万个蛋白质变体，并在48小时内生成结果。Hollingsworth博士拥有超过30年生物制药经验，曾担任Shoreline Therapeutics首席科学官，并在辉瑞（Pfizer，担任副总裁及癌症疫苗和免疫治疗首席科学官）、Pharmacia & Upjohn（后并入辉瑞）、葛兰素史克（GSK）和MedImmune（被阿斯利康收购）等公司任职。

Protillion表示，其采取的策略与多数公司不同，并非主要依赖计算机预测蛋白质结构，而是直接生成大规模功能数据，并根据真实实验结果识别最佳治疗候选物。通过并行生成数百万个蛋白质测量值，平台可创建训练更强大的机器学习模型所需的数据集。根据Layton的介绍，Protillion与默克已经为合作的开始制定了路线，前两个项目将专注于炎症性疾病领域。Layton指出，Prot-MaP平台的能力不仅限于炎症，能够在广泛的治疗领域发现和开发新型生物制剂，未来将扩展到其他疾病领域。

默克近几个月启动了多项以技术为重点的管线合作，旨在补充其癌症和免疫学管线，以应对其重磅药物（包括Keytruda®和Gardasil® 9）在美国及其他地区专利独占性到期带来的影响。3月，默克与Quotient Therapeutics签署了价值高达22亿美元的合作，应用其体细胞基因组学平台发现炎症性肠病（IBD）的新药靶点；同月，默克还与Infinimmune启动合作，应用其Anthrobody®发现平台和GLIMPSE™抗体语言模型进行抗体候选物开发，最高里程碑付款达8.38亿美元。此外，默克还与Google Cloud、Tempus AI以及梅奥诊所分别启动了合作。

默克研究实验室发现生物学副总裁Juan Alvarez博士在一份声明中表示，Protillion的平台提供了一个令人信服的机会，期待与团队合作推进这些项目。总部位于加利福尼亚州卡尔斯巴德的Protillion目前已发展至30名员工。该公司表示，正在继续扩大团队和设施，以支持内部管线和高价值战略合作伙伴关系。Illumina的风险投资部门Illumina Ventures是Protillion的投资者之一，于2022年与ARCH Venture Partners共同领投了1800万美元的融资。Layton表示，计划在年底前再招聘6名全职员工。

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