维度网讯,NVIDIA发布BioNeMo Agent Toolkit,为生命科学领域的AI代理提供超过十年积累的专业工具和开放模型,使代理、科学家和实验室能够协同工作,通过收集证据、跨发现结果进行推理、运行计算实验以及推荐最优后续步骤来加速科学发现。

该工具包整合了NVIDIA超过十年积累的生命科学库、工具和开放模型,可为任何代理或AI平台——包括通用助手、专门科学代理、软件平台及内部生物制药系统——提供合成和总结科学知识、调用模型、评估结果、推理和执行后续行动所需的工具。工具包包含NVIDIA BioNeMo,并由NVIDIA NIM微服务、NVIDIA Parabricks、NVIDIA NeMo和NVIDIA Nemotron技术以及加速计算和技能提供支持,为代理式生命科学构建了开放且可信赖的基础。
已有超过50家领先公司正在使用该工具包推进科学发现,利用代理可调用的技能完成蛋白质结构预测、分子对接、生成化学、基因组分析、蛋白质设计和生物标志物发现等任务。NVIDIA创始人兼首席执行官黄仁勋表示,前沿模型是大脑,BioNeMo是科学工具箱,两者结合使AI代理具备了博士研究助理的技能和超级计算机的速度,研究人员首次能够构建出理解科学知识、使用科学工具并执行科学工作流程的AI代理,这是一种新的科学方法,能够极大加速生物学、化学、基因组学和医学领域的发现。
开放模型和研究机构,包括Arc Institute、Open Molecular Software Foundation和华盛顿大学(University of Washington)蛋白质设计研究所(Institute for Protein Design, IPD),正在与NVIDIA合作,利用BioNeMo推进前沿模型,并通过代理就绪的工作流程使这些模型更易访问。IPD合作已加速了如RosettaFold3等先进生物设计模型的运行时间,性能较前代模型提升2倍,还有更多用于加速蛋白质设计的应用正在进行中。华盛顿大学医学院(University of Washington School of Medicine)生物化学教授兼蛋白质设计研究所主任David Baker表示,他们为蛋白质设计构建的每一个工具,其效力都取决于科学家能否高效加以利用,科学的下一个飞跃不会来自单一发现,而是来自迭代设计的速度以及能够以人类无法企及的速度反复思考生物学复杂性的代理。
生命科学领域全球科学研发投入达3.8万亿美元,年度制药预算接近3000亿美元。代理式工作流程可帮助行业更快迭代,同时降低成本并最大化成功概率。借助该工具包,开发者可在几分钟内将通用代理转变为生命科学代理,使研究人员能够更快地运行实验并持续从结果中学习。通用代理在高效导航科学工作流程时可能遇到困难,需要推断正确的工具、输入、输出和生物学含义,而该工具包可帮助代理调用正确的工具,更准确地解释结果,并更快获得科学洞见。NVIDIA通过将库、模型和框架转化为代理可调用的工具来优化整个BioNeMo平台,利用包括NVIDIA Nemotron开放模型、NVIDIA NeMo RL库、NVIDIA NemoClaw蓝图以及NVIDIA OpenShell运行时等技术。工具包组件支持的工作流程包括:虚拟筛选可帮助研究人员通过生成和筛选化合物、将其对接至靶点、预测结合强度并过滤类药物特性来识别小分子候选药物,将筛选时间从数天压缩至数分钟;基因组分析与靶点发现可帮助利用NVIDIA Parabricks加速比对和变异检出,基因组基础模型对变异效应进行评分,代理对最相关疾病的候选物进行排序;蛋白质结合物设计可帮助以计算方式设计和验证候选物,压缩传统劳动密集型设计工作;深度生物医学研究可将真实世界数据与推理模型连接,包括文献综述、方案生成、临床试验筛选及借助NVIDIA Biomedical AI-Q Research Agent进行的药物警戒;医学影像分析可帮助处理、分割、合成和推理医学影像数据以支持生物标志物发现。
技术和生命科学生态系统中的公司正在使用该工具包推进代理式工作流程。前沿实验室和科学代理构建者包括Anthropic、Edison Scientific、Lila Sciences、OpenAI和Owkin正在与BioNeMo集成,以帮助代理从回答问题转向完成科学工作。来自Benchling、Certara、Databricks、Snowflake和Seqera的科学数据和工作流程平台正在使用该工具包将数据系统与AI驱动的科学连接,技能可帮助代理查询生物和化学数据集、准备模型就绪输入、启动可重复工作流程、分析输出并返回洞见。诊断和制药公司包括礼来(Lilly)和Natera正在使用该工具包扩展覆盖发现、转化研究和临床洞见的可重复代理式工作流程。AI原生生物学公司包括Boltz、Basecamp Research、Chai Discovery、Dyno、PerturbAI和Proxima与NVIDIA合作开发工具以加速模型驱动的治疗设计工作流程。计算机辅助药物发现软件提供商包括Dassault Systèmes、Cadence (OpenEye)和Schrödinger正在集成该工具包功能,使代理可帮助协调分子生成、对接和预测。实验室仪器和自动化公司包括Automata、HighRes、Tecan、Thermo Fisher以及自主数据生成平台Medra正在将系统与由BioNeMo技能支持的计算发现相连。AI云和AI基础设施公司包括Baseten、Modal和Nebius正在使用该工具包,通过可扩展的应用程序编程接口、托管计算和生产推理环境支持BioNeMo技能和工具,帮助将代理式生物学工作流程从原型转变为服务。
BioNeMo Agent Toolkit和技能现已通过NVIDIA开发者资源页面和GitHub提供。
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