中国西湖大学团队经济高效组装千人级泛基因组
2026-04-04 14:20
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维度网讯,2026年4月1日,中国杭州西湖大学生命科学学院杨剑教授团队与合作者在《自然》杂志发表最新研究成果,创新性地开发了泛基因组引导的基因组组装(PIGA)方法。该方法结合长读长与短读长的混合测序策略,成功构建了涵盖一千多个个体的泛基因组,突破了此前小样本泛基因组的局限,为医学和群体遗传学研究提供了关键基础设施。
传统基因组研究依赖单一线性参考基因组,难以全面捕捉人类遗传多样性。长读长测序技术虽能提升组装质量,但高昂成本限制了样本规模。杨剑团队开发的PIGA方法通过整合队列序列信息,采用经济高效的混合测序策略,显著降低了测序成本,同时从适度覆盖度的数据中实现高质量基因组组装。

研究团队构建的泛基因组平均质量值(QV)达46,识别出4.053亿碱基对的非参考序列,其中26.2 Mb被注释为功能性基因和调控元件。基于该数据集,团队编制了全面的遗传变异目录,捕获了包括结构变异、串联重复等在内的复杂变异类型,为致病突变的临床筛查提供了重要参考。此外,团队还通过泛变异表达数量性状位点(eQTL)作图,阐明了复杂变异的调控复杂性。
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