美国总统特朗普已发出指示，要求对贸易伙伴征收“对等关税”。此举引起日本方面的关注，因为日本对农水产品设定了比工业产品更高的关税，而美国市场对于力争扩大农水产品出口的日本而言，其重要性正在上升。一旦对等关税实施，日本农水产品出口可能面临减少的风险，相关人士正对此保持警惕。

美国贸易代表办公室(USTR)2024年3月公布的贸易壁垒相关报告显示，日本对非农产品进口的关税率为2.4%，而农产品进口关税率高达13.4%，这反映了日本保护第一产业的立场。

2023年，日本对美出口农水产品中，鰤鱼金额最大，达到243亿日元(约合人民币12亿元)，扇贝出口也达到119亿日元。日本对鰤鱼和扇贝征收10%的关税，而美国原则上不征税。USTR的报告指出，关税妨碍了美国海鲜类的出口。

日本对大米进口的保护措施也备受美方关注。在2020年生效的日美贸易协定中，大米这一“圣域”受到保护，对民间进口征收每公斤341日元的高关税。日本通过进口管理抬升价格，使之与本土产大米形成差距的做法被美方视为问题。

另一方面，日本对牛肉设定了较低的关税。日本农相江藤拓在2月的记者会上表示，在某些方面，日本方面的关税反而更低，也有必要主张日方的立场。

2024年，日本农林水产品和食品的出口额为1.5073万亿日元，其中对美出口达2429亿日元，美国20年来首次成为日本该类产品的最大出口对象。而此前连续3年居首的中国，仍对日本水产品进口实施限制，因此美国市场的重要性进一步上升。对于关税问题，江藤表示，将拭目以待美国方面的想法。