转基因生物（GMO）在尼日利亚的推广持续引发公众忧虑，消费者、研究人员及粮食主权倡导者对该国监管机构尼日利亚国家生物安全管理机构（NBMA）的信任度下降。NBMA被指采取防御姿态，未能充分回应关键安全问题，包括长期风险评估的缺失。

截至2026年3月6日，NBMA网站上未公布官方批准的四种转基因商业种植产品及十余种食品加工产品的长期独立风险评估结果。这导致人们质疑该国是否正以民众为测试对象进行转基因生物实验。

经济方面，转基因棉花种植者报告称，Bt棉花在种植三年后未优于传统品种，且土壤出现退化迹象，可能与毒素释放有关。此外，转基因种子市场控制权及知识产权归属问题悬而未决，基因污染风险威胁本地品种。2024年，墨西哥对转基因玉米实施禁令以保护本土资源，而尼日利亚作为豆类起源中心，却面临类似挑战。

转基因产品在尼日利亚市场缺乏明确标签，消费者难以识别，据“地球母亲健康基金会”调查，超过50个品牌的进口加工食品含有转基因成分。公众呼吁在全面审查前暂停新转基因生物批准，并转向生态农业，以解决粮食不安全根源，如预算不足和安全问题。转基因生物监管争议凸显了在尼日利亚平衡科技进步与公共健康的复杂性。